۲-۷-۳- خنک سازی(فاز دوم مزوفیلیک)
وقتی فعالیت اورگانیسم‌های ترموفیلیک به خاطر تخلیه‌ی مواد کمپوستی متوقف گردید دما شروع به کاهش می کند. اورگانیسم‌های مزوفیلیک در مواد کمپوستی مجدداً شروع به تشکیل شدن می‌کنند. این میکرو اورگانیسم‌ها از اسپور‌هایی که زنده مانده‌اند یا از طریق میکروبهای حفاظت شده و یا از طریق تلقیح خارجی منشأ می‌گیرند ظاهر می‌شوند. در حالی که اورگانیسم‌های فاز شروع کننده که در آنها توانایی تجزیه‌ی قند و الیگوساکارید‌ها و پروتئین‌ها غالب هستند، در فاز مزوفیلیک دوم تعداد اورگانیسم‌هایی که قابلیت تجزیه‌ی نشاسته و سلولز را دارند افزایش قابل ملاحظه‌ای می‌یابند. در میان آنها قارچها و باکتری‌ها یافت می‌گردد(شکل ۲-۳).
۲-۷-۴- فاز بلوغ
در طول فاز بلوغ کمیت مواد کاهش می‌یابد و در چندین مرحله‌ی پی در پی ترکیب اجتماعات میکروبی کاملاً تغییر می‌کند. طی این دوره میزان قارچ‌ها معمولاً افزایش یافته در حالی که تعداد باکتری‌ها کاهش می‌یابند. ترکیباتی که بیشتر از این قابل تجزیه نیستند مانند کمپلکس‌های هوموس- لیگنین، تشکیل می‌گردند و بر دیگر مواد غالب می‌شوند(شکل ۲-۳)(دایز و همکاران^[۲۹]، ۲۰۰۷).
شکل ۲-۳- تنوع دمایی در طول کمپوست شدن وفاز‌های فعالیت میکروبی(۱- مزوفیلیک ۲- ترموفیلیک ۳- خنک سازی ۴- بلوغ)
۲-۸- عوامل مؤثر بر کمپوست سازی
برای دستیابی به یک کمپوست خوب فاکتور هایی همچون دما، رطوبت، هوادهی، . تخلخل، ناحیه سطحی اندازه ذرات، pH و نسبتC/N تأثیر گذار هستند.

۲-۸-۱- نسبت کربن به نیتروژن
نسبت مناسب C/N برای شروع فرایند تولید کمپوست معمولاً ۲۵:۱ الی ۵۰:۱ گزارش شده است(رودریگز و همکاران^[۳۰]، ۱۹۹۴). نسبت C/N بیشتر از۵۰:۱ فرایند را کند می‌کند و در صورتی‌که نسبت C/N مواد بستری کمتر از ۲۵:۱ باشد، مقدار زیادی به صورت آمونیاک هدر می‌رود. به خصوص اگر دمای مواد بستری زیاد باشد و از سیستم هوادهی تحت فشار استفاده شود(زوکونی و برتولدی، ۱۹۸۷).
کمپوست نهایی معمولاً نسبت C/N بین ۱۵:۱ الی ۳۰:۱ دارد(آلکساندر، ۱۹۷۷ ). جدول ۲-۱ نسبت کربن به نیتروژن برای مواد معمول در توده‌های کمپوست کشاورزی را نشان می‌دهد(رودریگز و همکاران، ۱۹۹۴).
جدول(۲-۱) نسبت C/N در برخی از مواد و ضایعات که به عنوان بستر کشت استفاده می‌شود